Do świątyni wchodzimy przez boczną Bramę Groblową.
Obecnie ogromne wnętrze kościoła jest prawie jednolicie białe, lecz w średniowieczu było o wiele bardziej kolorowe. Wyposażenia zabytkowego (współczesnego też) jest sporo, gdybym chciała poświęcić więcej czasu chociaż połowie z nich (samych kaplic bocznych jest aż 31), to pewnie zwiedzanie bazyliki zajęłoby mi kilka godzin. Na tyle oczywiście czasu nie było, o wejściu na wieżę widokową nawet nie pomyśleliśmy.
Wnętrze charakteryzuje się jednolitą wysokością poszczególnych naw. Potężne filary dźwigają sklepienia o gęstym i wyszukanym układzie żeber. W nawie głównej i transepcie są to sklepienia sieciowe, w prezbiterium i niektórych kaplicach sklepienia gwiaździste, w nawach bocznych – sklepienia kryształowe, pozbawione żeber.

Kaplica św. Krzyża (została ufundowana w 1424 roku przez rodzinę złotników), obecnie z ołtarzem antwerpskim Św. Apostołów Szymona i Judy Tadeusza , zwanym też ołtarzem św. Adriana (poprzedni ołtarz z około 1400 r. zaginął w czasie II wojny światowej). Ołtarz ten został wykonany w latach ok. 1510-1520, ma formę poliptyku. Część środkowa i awersy skrzydeł bocznych ołtarza są rzeźbione, pozostałe części nastawy posiadają kwatery malowane. Sceny rzeźbione części głównej przedstawiają: Niesienie krzyża, Ukrzyżowanie, Opłakiwanie. Poniżej widoczne są sceny z życia Najświętszej Maryi Panny i Dzieciątka Jezus. Na skrzydłach bocznych od lewej: Puste łoże, Zwiastowanie, Narodziny Chrystusa, Pokłon Trzech Króli, Obrzezanie, Ucieczka z Egiptu. Ołtarz posiada podwójne malowane skrzydła z kwaterami ze scenami pasyjnymi. Predella jest starsza od ołtarza, pochodzi z lat 1460-1470. Malowidło przedstawia męczeństwo św. Adriana i współtowarzyszy. Po bokach św. Adriana znajdują się św. Juda Tadeusz i św. Szymon.

W bazylice (w pobliżu zakrystii) można zobaczyć rekonstrukcję niezwykłego zegara astronomicznego wykonanego w latach 1464-1470 przez Hansa Düringera z Torunia. Został odtworzony w latach 80.XX wieku na podstawie zachowanych fragmentów i zdjęć, zegar został uruchomiony po 437 latach przestoju (był nieczynny od 1554 roku). Zegar ma ponad 14 metrów wysokości i trzy kondygnacje: dolna to kalendarz, środkowa – planetarium wskazujące pozycję słońca i planet oraz godziny, a górna to teatrzyk z figurkami 12 apostołów, Adama i Ewy, aniołów i Trzech Króli. Zegar posiadał aż 6 niezależnych mechanizmów, ukazywał dni roku, daty świuąt ruchomych, wschody księżyca i słońca, 19-letnii cykl księżycowy i 28-letni cykl słoneczny. Niestety do bazyliki nie trafiliśmy o pełnej godzinie, więc nie widzieliśmy figurek w ruchu.

Legenda głosi, że gdy władze Lubeki zaproponowały toruńskiemu mistrzowi wykonanie podobnego zegara, zazdrośni rajcowie Gdańska na rozkaz burmistrza Konstantyna Ferberakazali oślepić mistrza. Kiedy po latach zegar się zepsuł, poproszono ślepego mistrza o naprawę. Ten wówczas zniszczył młotem mechanizm zegara, po czym z przekleństwem na ustach spadł na posadzkę kościoła, ponosząc śmierć na miejscu..
Od 1554 r. nieczynny zegar popadł w zapomnienie. Pod koniec II wojny światowej został zdemontowany, ale 70 procent zewnętrznej obudowy odnalazło się i wróciło do kościoła. W 1983 r zajął się nimi społeczny komitet odbudowy zegara. Cztery lata później stanęła na swoim miejscu szafa zegarowa, sukcesywnie rekonstruowano szereg jego rzeźb. Obecnie jest to jedna z atrakcji bazyliki.