Wejście do Jaskini Ciemnej jest niskie (w przeciwieństwie do jej wnętrza), wysokie osoby muszą uważać, aby nie nabyć sobie guza. Za to dalej luzik – wysoko i w zasadzie płasko. W jaskini nie ma oświetlenia elektrycznego (było na początku XX wieku, szybciej niż w chałupach mieszkańców Ojcowa

, ale zostało zniszczone podczas I wojny światowej), wewnątrz jest naprawdę bardzo ciemno, więc nazwa groty trafna w stu procentach. Przewodnicy podczas opowiadania o jaskini to i owo podświetlają swoją latarką, turyści mają zakaz ich włączania, nie mogą też robić fotek z lampą błyskową ze względu na żyjące tu nietoperze. Zimą hibernuje tu ich ponad 1000, w tym czasie jaskinia jest nieudostępniona do zwiedzania. Temperatura w jaskini jest stała, około 7 – 8 °C, wilgotność wynosi około 95%.


Jaskinia Ciemna. stanowi część dawnego systemu podziemnych korytarzy i komór, ma łączną długość 209 m (trasa z przewodnikiem jest ciut krótsza). Składa się z obszernej komory, przechodzącej dalej w zwężający się korytarz. Komora wstępna jest największa ze wszystkich znanych na Wyżynie Krakowsko-Częstochowskiej. Jej długość wynosi 88 m, szerokość maksymalna 23 m, a wysokość dochodzi miejscami do kilkunastu metrów. Na dnie jaskini znajdują się namuliska, nacieki niestety w XIX wieku zniszczyli turyści zbierający „pamiątki”. W 2.połowie XX wieku na powierzchni osadów występowały licznie kości i zęby niedźwiedzi jaskiniowych oraz pojedyncze innych zwierząt, m.in. lwa jaskiniowego i hieny jaskiniowej. W warstwie osadów znaleziono dużą liczbę wyrobów krzemiennych oraz przepalonych kości zwierząt, które służyły za opał z powodu małej ilości drewna w czasie zlodowacenia.
Ku końcowi komora zwęża się i obniża. Na końcu strop podpierany jest przez filar skalny - tutaj jaskinia załamuje się pod kątem prostym przechodząc w obszerny korytarz, którego strop pokrywają kotły wirowe o średnicy do 4 m.
Korytarz zamknięty jest ciasnym przełazem, za którym ciąg skręca w lewo. Dalej prowadzi stąd 50-metrowej długości tunel o przebiegu równoległym do osi komory. Z niewielkiego rozszerzenia przy końcu ciągu odchodzi kilkunastometrowej długości korytarz, ale jest niedostępny.
Oprócz nietoperzy, w jaskini mieszkają pająki, w tym jadowity
sieciarz jaskinowy – meta menardi (upodobał sobie skały przy wejściu do groty)
Szlakiem zielonym, tą samą trasą, wróciłyśmy do szosy.